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中国足协对武汉队的处罚是，除了给予重大警告外，还对其教练员、队员和俱乐部进行了罚款。

具体来说，对武汉队的教练员和队员，中国足协对其实施了精神上的教育，并给予了两万元罚款对俱乐部，另外再给予了两万元罚款，同时取消其本赛季的参赛资格，且剥夺其本赛季比赛的冠军赛点，并吊销其本赛季参赛卡及其它比赛牌照。

此外，中国足协还对武汉队的管理人员对俱乐部的管理不当行为进行了调查，并对俱乐部的领导人及其管理人员给予了严厉的批评，要求他们在今后的管理中加强管理，坚决维护联赛的规章制度。

总而言之，中国足协对武汉队的处罚是以给予罚款为主，同时取消其本赛季的参赛资格，并对俱乐部的领导人及其管理人员进行了严厉的批评，要求他们在今后的管理中加强管理，坚决维护联赛的规章制度。