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日本天皇杯是日本足球协会（JFA）举办的一项年度性的职业足球比赛，自1996年起举办至今，是日本足球界最受瞩目的赛事之一。天皇杯的参赛名额由日本联赛的J1、J2、J3及九州联赛的参赛队伍组成，进入主赛程的仅有64支球队，其中有48支J1、J2、J3联赛队伍，其余16支来自九州联赛。

联赛杯是日本足球联赛（JFL）举办的一项年度性的职业足球比赛，自1978年起，每年举办，是日本足球界最受瞩目的赛事之一。联赛杯的参赛名额由日本联赛的J1、J2及九州联赛的参赛队伍组成，进入主赛程的仅有64支球队，其中有32支J1、J2联赛队伍，其余32支来自九州联赛。

总之，日本天皇杯和联赛杯的区别在于：一是参赛队伍的资格不同，日本天皇杯有48支J1、J2、J3联赛队伍和16支九州联赛队伍参赛，而联赛杯只有32支J1、J2联赛队伍和32支九州联赛队伍参赛二是日本天皇杯的赛制是小组赛和淘汰赛，而联赛杯的赛制是单循环制和淘汰赛。